1. ставим зависимости nginx
2. Создаём каталог. заходим в него, качаем свежий nginx
3. Извлекаем
4. Заходим в каталог.
5. Компиляция. вполне стандартные опции, что первые выдал гугл.
в результате выполнения команды скрипт configure нам подсказывает, что и как будет
+ using system PCRE library
+ using system OpenSSL library
+ md5: using OpenSSL library
+ sha1 library is not used
+ using system zlib library
nginx binary file: "/usr/local/sbin"
nginx configuration prefix: "/usr/local/nginx/conf"
nginx configuration file: "/usr/local/nginx/conf/nginx.conf"
nginx pid file: "/usr/local/nginx/logs/nginx.pid"
nginx error log file: "/usr/local/nginx/logs/error.log"
nginx http access log file: "/usr/local/nginx/logs/access.log"
nginx http client request body temporary files: "client_body_temp"
nginx http proxy temporary files: "proxy_temp"
nginx http fastcgi temporary files: "fastcgi_temp"
Где будут находится конфиги, где логи т. п.
далее
Вот и всё nginx готов к работе.
Можно его запустить командой
Если мы хотим чтобы он запустился с вашими уже рабочими конфигурационными файлами. то создаём символическую ссылку предварительно удалив /usr/local/nginx/conf
6. Правка скрипта запуска.
т.к. до этого у меня стоял пакет из репозитория, остались и рабочие файлы конфигурации и скрипт управления nginx (/etc/init.d/nginx)
скорректируем его с учётом нового места установки nginx
7. если до этого был установлен Nginx из пакета. то можно его удалить.
8. запускаем
9. Проверяем работу сайта.
Оказалось вот на столько просто 
PS Данный топик был отправлен мною в песочницу Хабра.
всё гораздо проще:
nginx=stable # use nginx=development for latest development version
add-apt-repository ppa:nginx/$nginx
apt-get update
apt-get install nginx